妙恩寺は昭和初期、初代村上孝圓上人が東京下谷に日蓮大聖人の教えを広める為、青木講として設立。

戦後疎開で千葉市登戸二丁目に借地で本堂を建立し、昭和三十三年十二月八日宗教法人妙恩寺を千葉県知事より認証を受ける。
平成六年に第二世村上佼正上人（現坂月長善寺住職・元日蓮宗新聞社社長）、平成二十一年に第三世原秀明上人が継承し、半世紀にわたり登戸の地で布教するも借地という弊害があり、平成二十四年に現在の殿台町に移転をし、平成二十五年にみつわ台霊園を開設。